关卡1：`北地行动`，地点：`北地海域` 一艘军舰在M30星球的极地执勤，遇到不明舰队的攻击，敌人火力异常凶猛，舰长不得不带领大家暂时撤退。 关卡2：`可疑客机`，地点：`罗达贝尔海` 舰队撤退途中意外救起了一艘小船，并从中救出一名佩里博士。
关卡3：`A-斯托`，地点：`纽西海域` 舰船准备返航，返航途中，舰长从佩里博士口中得知，他刚发明了生化武器α-斯托，就被军方袭击，他侥幸逃脱出来，图纸和车间都落入军方手中。 关卡4：`末日孤舰`，地点：`纳洛尔海湾` 舰船返航途中，发现整个世界已经陷入灾难，佩里博士解释说α-斯托可以使得人们变得异常狂暴和嗜血，显然世界上大部分人类都在自相残杀中死亡，而残余的人类也变得异常狂暴了。
关卡5：`雷吉军`，地点：`纳洛尔海湾南部海域` 舰船遭遇了敌方舰队的主力，对方自称雷吉军，并且二话不说直接展开进攻，舰长不得不应战并击退了对方。 关卡6：`消灭或拯救`，地点：`克洛芬海` 舰长并不想真正杀死对方，而是以拦截敌人的攻击为主，他希望佩里博士可以想出拯救敌人的方法，毕竟这些都是人类残留的希望。
关卡7：`新的线索`，地点：`南克洛芬海` 通过无线广播，舰长找到了一架客机，舰长决定护卫它来寻找线索。 关卡8：`非狂暴的雷吉军`，地点：`欧西姆海湾` 舰队和敌人交战，从敌人的话语中，舰长发现没有以前狂暴了，舰长觉得客机一定有端倪。
关卡9：`A-斯托抑制物`，地点：`宰勒伯海` 舰长将敌人击退，并跟踪客机到达陆地，佩里博士在客机上找到了暂时抑制α-斯托的药物。 关卡10：`B-洛茨`，地点：`阿加若辛海` 在客机上，佩里博士找到了治疗α-斯托症状的对策，也就是研制出另一项武器β-洛茨。
关卡11：`数据采集`，地点：`南那比雷克海` 佩里博士发现研制这种武器需要收集α-斯托的数据，而最好的方法就是可以俘获一个样本，也就是敌人。 关卡12：`抑制物发射` ，地点：`塞登群岛` 舰队主动接近敌人，将抑制药物发射出去，降低敌人的狂暴性。
关卡13：`突袭雷吉旗舰`，地点：`东塞登海域` 舰队派突击小队登陆敌舰，舰长则负责和敌人纠缠，降低敌人的警觉度。 关卡14：`突袭成功`，地点：`中西那特海盆` 突击小队成功俘获了敌舰的一名受α-斯托影响的水手，而此时抑制药物的有效时间也快要到了，舰队立刻逃离。
关卡15：`疯狂的雷吉军`，地点：`东西那特海岭` 敌人发觉了水手被俘的事实，对舰队穷追猛打，他们变的更狂暴了，β-洛茨需要尽快研制出来。 关卡16：`罗福实验室` ，地点：`罗福群岛` 佩里博士发现研制β-洛茨还需要一件重要的设备，这个设备必须去罗福的生化实验室才能获得。
关卡17：`雷吉军大本营`，地点：`罗福群岛北部海域` 舰队前往罗福，发现那里已经被雷吉军占领了。 关卡18：`目标!实验室!`，地点： `罗福群岛北部海域` 舰队派出了突击小队，在炮火的掩护下进入了实验室。
关卡19：`营救`，地点：`中西那特海盆` 突击小队获得了设备，但也身陷重围，舰长带领舰队营救。 关卡20：`雷吉军的真相`，地点：`奥萨格拉斯海` 突击小队不仅带来了设备，还获得了重要的资料。
资料显示，受到α-斯托感染的人类脸部会发生变换，通过这个设备还可以将脸部还原。结果显示，雷吉军正是实验室的幸存者，他们在长期接触α-斯托中产生了变异，使得对于同样变异的伙伴不会攻击。
关卡21：`拯救?` ，地点：`阿达姆岛` 舰长主动靠近敌人，将β-洛茨发射出去，所有的敌人都回归了正常人类的状态，然而当舰长和雷吉军领袖见面时惊奇的发现，这位领袖的容貌并没有发生变化……。
